Après le lancement de l'application MoleculeSketch vous trouvez dans la partie supèrieure de la fenêtre une barre d'outils avec plusieurs outils de dessin et en dessous de la surface de dessin la barre de préférences pour régler rapidement les options par défaut.
Options de la barre de préférences
Ajouter des atomes et des liaisons
Ajouter des chaînes (carbonées)
Modifier des atomes et leurs symboles. Ajouter des groupes fonctionnels
Calculer la masse moyenne ou la formule brut
Éléments/signes de dessin spècials (plus, charges, radical)
Éléments de dessin (cercle, lignes)
Modifier les éléments de dessin
Sélectioner, déplacer, redimensionner
Disposition d'objets et de liaisons