Atome einfügen

Wählen Sie ein Elementsymbol von der Werkzeugleiste aus. Klicken Sie dort in die Zeichenfläche, wo Sie das Atom einfügen wollen. Wenn die Option „Fehlende H-Atome anzeigen“ im Hauptmenü „Zeichnen“ angewählt ist werden einige Atome (z.B. C, N, O, etc.) mit Wasserstoffatomen angegeben.

Durch Einfach-, Doppel- und Rechtsklick kann das Symbol eines Atoms bearbeitet werden (siehe Atome bearbeiten).

Bindungen einfügen

Wählen Sie einen Bindungstyp aus der Werkzeugleiste aus. Klicken Sie mit gehaltener linker Maustaste in die Zeichenfläche und ziehen Sie die Maus auf eine freie Stelle, ein anderes Atom, eine Bindung, einen Kreis oder ein Kreissegment. Eine rote gestrichelte Linie zeigt Richtung und Länge der Bindung an, die beim Loslassen gezeichnet wird. Ist die Positionierungshilfe im Hauptmenü „Zeichnen“ eingeschaltet, bleibt die Bindung beim Ziehen an bestimmten Stellen stehen.

Die Positionierungshilfe kann im Hauptmenü unter „Zeichnen“ oder in den Einstellungen dauerhaft ausgeschaltet werden. Durch Ziehen einer Bindung können auch zwei bestehende Atome miteinander verbunden werden.

Ist die Anzahl Bindungen grösser als die Valenz eines Atoms, wird eine Warnung angegeben. Wird die Bindung trotzdem angefügt, erhält das Atom eine elektrische Ladung. Die Ladung kann manuell geändert oder neu berechnet werden. (Atome bearbeiten).

Bindungen mit höherer Haptizität einfügen

hapticbond_2 Wird eine Bindung auf eine andere Bindung gezogen, wird eine Bindung der Haptizität η2 erzeugt.
hapticbond_drawing Wird eine Bindung auf einen Kreis oder ein Kreissegment gezogen, erscheint das Fenster für Bindungen höherer Haptizität. Nach Auswahl der beteiligten Atomen durch Anklicken oder durch das Ziehen eines Auswahlrahmens wird die Bindung nach Bestätigen mit „Weiter“ eingefügt.
hapticbond_highlightning Das Vorhandensein einer Bindung mit höherer Haptizität wird mit einem roten Rahmen angezeigt. Der Kreis oder das Kreissegment und die gebundenen Atome lassen sich trotz Gruppierung verschieben.

Nicht zählende Bindungen

Gestrichelte und dative Bindungen werden standardmässig nicht bei der Berechnung von freien Valenzen und Ladungen miteinbezogen. Dies ermöglicht den Einsatz z.B. als Wasserstoffbrücke oder Komplexbindung.
Auch andere Bindungstypen können diese Eigenschaft besitzen. Sie lässt sich im Kontextmenü (Popover) „Bindungen bearbeiten“ einstellen.

Funktionelle Gruppen einfügen

Funktionelle Gruppen, wie z.B. NO2, können durch Doppelklick auf ein bestehendes Atom und Eingabe der Formel eingefügt werden.

Wasserstoffatome einfügen

Über den Menüpunkt „Werkzeuge“ im Hauptmenü können Wasserstoffatome an Atomen mit freien Valenzen angefügt und entfernt werden.

 

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